医院办公自动化系统是以通讯和协同操作、协调运行为技术基础，在这种机制下，日常行政事务，如会议管理、日程安排、手机短信通知、查询、统计等功能都在网络环境下实现，收发文也从传统的方式向工作流自动化方式进行，由此带给医院四大好处：
1. 增加医院信息沟通和共享的渠道
医院办公自动化系统承担了信息通道的责任，每个员工可以在此根据自己的权限，了解和自己相关的工作。如上级交代的事情、自己需要完成的事情、需要和别人合作的事情、或需交于别人完成的事情。
2. 规范工作方法
医院办公自动化系统以工作流为办公机制，每种办公事项都有相应的工作流程，同时各种文档进行规范化登记和处理，这种基于工作流约束的机制，带来了规范化、制度化的管理的理念，可以最大化的减少工作中人为的错误，无形而有效的提高医院中管理水平。它通过规范化的工作方法带来规范化的管理。医院办公自动化系统这种基于工作流的约束机制并不是一成不变的，它同时可以灵活的进行配置，根据医院具体需要进行调整。
3. 对文档进行一体化管理
医院办公自动化系统把文档处理和文档归档的联系在一起，无须人工进行复杂的文档归档过程，处理过的文档如需要归档，可以自动进行归档过程。医院OA 系统提供了强大的文件检索功能，任何人只要分配了权限，便可以在医院OA 系统上方便的进行数据库检索，获取自己所需的资料。
4. 提高工作效率，降低成本
医院办公从手工到网络、从文档的人工处理到工作流的自动化，最明显的效果是提高了工作效率，节约办公成本，最大化的利用医院资源。系统针对个人和部门及全院都设计了不同的方便而快捷的信息传递机制，能让用户以最快速度知道自己要干什么，需要什么样的资料及这些资料到那里去寻找的信息，从而提高工作效率。